Több tízezer PC madárinfluenzás

Egy nemzetközi, 41 ezer számítógépből álló, Grid-alapú számítási erőforrásnak köszönhetően a halálos madárinfluenza vírus elleni hatékony szer kikísérletezhető. Az „Enabling Grids for E-sciencE” (EGEE) európai tudományos gigaprojekt keretében, 50 ország részvételének köszönhetően létrejön a világ egyik legnagyobb szuperkomputere, öt millió gigabájtnyi lemezes és szalagos tárolóval.

Mint ismeretes, a H5N1 madárinfluenza törzs az elmúlt öt évben több mint kétszáz embert ölt meg Ázsiában, és a tudósok attól tartanak, hogy akár egy globális kiterjedésű halálos járvány kerekedhet belőle. Dr Ying-Ta Wu, a tajvani Genomics Research Center of the Academia Sinica biológusa kifejtette: a Grid számítás az egyik leggyorsabb és legolcsóbb módja annak, hogy olyan ígéretes új gyógyszereket fejlesszünk, amelyek képesek leküzdeni a vírust. „Az EGEE infrastruktúráját használjuk ki annak érdekében, hogy kikísérletezzük azt a molekulák, mely hatásos lehet. Előzetes projektek során az EGEE-t arra használtuk, hogy megtalálja, melyik ez a kétszáz lehetséges molekula.”

A rendszer, azáltal, hogy gyorsan átvizsgálja a lehetséges gyógyszer- és víruskölcsönhatásokat, kiszámítja a valószínűségét, hogy a speciális gyógyszer molekula miként blokkolja a kulcs területeket, gátolva ezzel a vírus előfordulását.

Nem ez az első eset erre, például az IBM World Community Grid (WCG) programja által támogatott „Segíts legyőzni a rákot!” projekt során a WCG-hez csatlakozott személyi számítógépek kihasználatlan kapacitásának felhasználásával a kutatók számára lehetőség nyílt nagyszámú rákos szövet egyidejű elemzésére. Egyetlen óra alatt annyi mintát lehetett elemezni, ami egy hagyományos számítógép használata mellett hozzávetőlegesen 160 évet vett volna igénybe.

Alkalmazások az EGEE infrastruktúrán

A jelenlegi infrastruktúrán a nagyenergiájú részecskefizikai és az orvosbiológiai kutatások mellett számos más tudományterülethez kapcsolódó számításigényes alkalmazás is fut, mint például multimédiai, asztrofizikai, régészeti, pénzügy és kémiai alkalmazások. A kutatók ún. virtuális szervezetekbe tömörülve (Virtual Organisations – VO) érhetik el a közös erőforrásokat. A VO-k adják a kutatói közösségek vázát. Jelenleg több mint 60 különböző VO-ban folynak kutatások.