A programért felelős szervezetek azonban felismerték, hogy az egyes ügyintézési feladatokhoz kapcsolódó egyedi fizetési megoldások helyett célszerű a közigazgatás intézményei számára egységes központi szolgáltatást létrehozni. Ezért a Pénzügyminisztérium Informatikai Szolgáltató Központ (PMISZK) feladatul kapta a központi elektronikus fizetési szolgáltatás létrehozását. A rendszert a Magyar Államkincstár fogja működtetni, és a projektben részt vesz a Magyar Nemzeti Bank is.
A projekt eredményeképpen az Ügyfelek a közigazgatással szemben fennálló fizetési kötelezettségeiket az eddigi lehetőségek megtartása mellett elektronikus ügyintézés során bankkártya illetve internetbank, a személyes megjelenéssel járó ügyintézés során pedig bankkártya segítségével is teljesíthetik. Így az Ügyfelek a fizetéssel járó ügyek esetén is választhatják az elektronikus ügyintézést a személyes megjelenés helyett. A személyes megjelenéssel járó ügyintézésre fordítandó idő csökken, a befizetések pontossága pedig nő.
A központi elektronikus fizetési szolgáltatás három elven alapul. Az ügyintézéshez és a fizetéshez az Ügyfél külön-külön történő azonosítása szükséges. Az ügyintézéshez szükséges azonosítási mód változatlan marad, a fizetéshez szükséges azonosítás az Ügyfél által választott fizetési megoldástól függ. A fizetés az ügyazonosító ismeretében történik, amelyet a jelenleg is működő rendszerek képeznek. A fizetés visszavonhatatlan megindításáról elektronikus igazolás keletkezik, amely garanciát nyújt fizetés megtörténtére.
A teljes Elektronikus fizetési rendszer a Központi Elektronikus Fizetési és Elszámolási Rendszert (EFER) létrehozó horizontális projektből és a szolgáltatást használatba vevő vertikális projektekből áll. A vertikális projektek az EFER-re támaszkodva elektronikus fizetést tesznek lehetővé az Okmányirodákban, az adóhivatalokban és a vámügyintézés során.
Az EFER a piacon jelenleg is elérhető elektronikus fizetési megoldásokra támaszkodik. A bankkártyás fizetés a megszokott módon zajlik, az internetes fizetés területén azonban a projekt fontos előrelépést kíván tenni. A fizetés alapvető adatait (összeg, célszámla, ügyazonosító) az EFER átadja az Ügyfél által kiválasztott internetbank rendszernek. Így az Ügyfél mentesül az átutalás adatainak bevitelétől, csak el kell indítania az átutalást, mely így pontos adatokkal teljesül. A projekt meghatározza és létrehozza az adatok átadására szolgáló felületet, az internetbank szolgáltatást nyújtó hitelintézetek pedig önkéntesen csatlakozhatnak ahhoz.
Az EFER lehetőséget biztosít az Ügyfelek számára az ügyintézéshez kötődő fizetési kötelezettség egy összegben, egy tranzakcióval történő megfizetésére abban az esetben is, ha a befizetés több számlát érintene (így például használt gépjármű behozatala esetén egy összegben fizethető a vám, az import áfa és a környezetvédelmi termékdíj). A felosztás technikai lebonyolítása a Magyar Államkincstárban vezetett, az intézményhez rendelt átvezetési számla segítségével történik.
Az EFER megvalósítása a szerződés aláírásával elindul. Az APEH, a KEK KH és a VP vertikális projektjei az EFER-hez való csatlakozás érdekében módosítják a szakrendszereket és pénzügyi rendszereket, a MeH pedig a Központi Rendszer (KR) bővítésével megteremti az infrastruktúrát a növekvő számú tranzakciók kezeléséhez. A teljes projekt fizikai megvalósításának határideje 2010. március 30.
Az EFER létrehozására a PMISZK 2008. szeptember 23-án tárgyalásos közbeszerzési eljárást indított. Az eljárás nyertese a Getronics Magyarország Kft. lett, amely partnereivel, a Zalaszám Informatika Kft.-vel, az IND Kft.-vel, az IDOM 2000 Konzulens Zrt.-vel, valamint az eGov Consulting Kft.-vel közösen készíti el a rendszert, amelynek átadására 2010. március 30-ig kerül sor. A megvalósítást lehetővé tevő szerződés aláírására 2009. június 4-én kerül sor, a szerződés értéke nettó 1,680 millió forint. Ezen összeg mintegy 70 százaléka magyar szakértők és informatikusok munkájának fedezésére szolgál, csak a maradék 30 százalékból kerül sor hardver és alapszoftver beszerzésre.