Az ETI székhelyének elnyerése érdekében a Kormány 2008-ban kötelezettséget vállalt arra, hogy biztosítja az Intézet elhelyezését Budapesten, és 20 évig finanszírozza annak bérleti díját. Az Európai Tanács pozitív döntését követően a Magyar Nemzeti Vagyonkezelő Zrt. meghívásos közbeszerzési eljárást folytatott le, hogy az Európai Bizottság által megkövetelt magas technikai előírásoknak megfelelően, illetve az előzetesen egyeztetett helyszínen – a Lágymányosi hídnál fekvő Infopark környezetében – lehessen az irodaterületet biztosítani az ETI számára.
A meghívott beruházók közül az Infopark E Építési Terület Ingatlanfejlesztési Kft. nyújtott be érvényes pályázatot, amelyet a kutatás-fejlesztésért felelős tárca nélküli miniszter által felkért öt tagú bizottság három tárgyalásos fordulóban bírált el, olvasható a Miniszterelnöki Hivatal honlapján. A tárgyalások után az ajánlattevő benyújtotta végleges ajánlatát, amely az eredeti ajánlathoz képest jelentős árcsökkenést tartalmazott.
A kiválasztott ajánlat az Infopark E épületének két felső emeletén található bruttó 2740 m2 területű ‘A’ kategóriás irodaterületet, 560 m2 kiszolgáló-raktár területet, továbbá 22 gépkocsi számára 220 m2 parkoló területet foglal magába. A terület bérleti díja havi nettó 12,96 EUR/m2 , az üzemeltetési díj pedig havi 8140 EUR lesz. A székhely biztosításának teljes költsége évi 193,5 millió Ft-ot jelent (300 Ft/EUR árfolyamon). A bérelt terület, az ETI igényeinek megfelelően, 2009.12.01.-től áll majd az intézmény rendelkezésére.
Az ETI az Európai Unió újonnan létrehozott közösségi ügynöksége, amely önálló jogi személyiséggel rendelkezik. Az Intézet működésének célja, hogy segítse az oktatás, a kutatás és az innováció európai hálózatának kialakítását. Az egyetemek, kutatóintézetek és innovatív vállalatok együttműködése ugyanis erősíti az európai versenyképességet, elősegíti a tudásalapú társadalom megteremtését, és az eredményes kutatás mellett vonzó munkahelyeket teremthet a legkiválóbb európai kutatók számára.